Les liens externes et les liens internes de vos sites font toujours partie d’une catégorie spécifique dans les Webmaster Tools mais seront désormais organisés différemment. Jusque là considérés comme des liens externes émanant d’une autre adresse que celle du compte, les liens pointant vers votre site depuis une page répondant au même domaine sera à présent considéré comme interne.
Le lien sera considéré comme externe si le nom de domaine n’est pas le même.
Ainsi, votre nombre de liens interne devrait augmenter considérablement et vos liens externes devraient largement chuter.
source : Google Webmaster Tools